Нематодите (или кръглите червеи) заразяват различни видове риби. Малко на брой нематоди често се появяват в здрави риби, но по-висок брой могат да ги разболеят или да ги убият. При по-големи риби е по-трудно да се забележат признаците, докато при младите индивиди лесно се забелязва, че не порастват.

Нематодите лишават своя домакин от храна и могат да се хранят с тъкани, серуми и кръв, причинявайки изтощение и анемия. Клиничните признаци на заразяване с нематода варират от деформирана форма на тялото, кръвоизлив , загуба на равновесие чрез увреждане на плувния мехур, летаргия, язви на хрилната покривка, накъсване на перките и някои други. Заразената риба може да бъде по-чувствителна към понижено съдържание на кислород във водата.

Нематодите се делят на различни видове и без точна диагностика (изследване с микроскоп след смъртта) е трудно да се отгатне точният вид. Няма ефективно лекарство, което да обхваща всички видове нематоди, но препарати с активни съставки като флубендазол, левамизол, мебендазол, трихлорфон и триклабендазол могат да бъдат ефективни срещу някои видове.

При вътрешна зараза с нематоди са подходящи няколко препарата. Два ефективни и често използвани такива са тези с активни съставки Фенбендазол (например Panacur AquaSol и SafeGuard - от ветеринарен магазин) и Левамизол (2 мг/литър Левамизол - баня за 24 часа и повтаряне след 2-3 седмици).

Имайте в предвид при използването на Фенбендазол, че безгръбначните (скариди, охлюви и други) могат да не понесат лечението, така че не е препоръчително ако са налични или не могат да се извадят.

Температурата също може да окаже влияние върху някои от ларвите. Например ларвите на псевдотерранова могат да бъдат убити при 30° за 15 часа или при 20° в продължение на 7 дни, което е лесно постижимо. Мъртвите нематоди, обаче могат да предизвикат имунни реакции при човешки гостоприемници, тъй като съдържат имуногенни молекули.
В същото време, ларвите на Анасакис (друг вид нематод) замръзва при -20° и умира при над 60°, което както разбирате няма как да се постигне в аквариум.

Солта също е възможно да помогне срещу голяма част от планариите (плоски червеи) - 2.5 гр готварска сол на литър вода. Това би трябвало да се понесе от повечето тропически риби, но задължително трябва да се засили аерацията.
Срещу Планария също е подходящо използването на Цестал (за кучета и котки, с основна съставка Praziquantel). Дозата е половин стрита таблетка за 40 литра вода. След три дни се сменят 30% от водата и се повтаря процедурата. Това лечение е походящо за риби и скариди, но е опасно за охлювите в аквариума.